Οι Ενετοί φθάνουν στην Κρήτη το 1204 κι εφαρμόζουν ένα δημοκρατικό σύστημα διοίκησης της πόλης. Σε αυτούς οφείλει το Ηράκλειο το όνομα Candia, το οποίο αποτελεί παράφραση του ονόματος «Χάνδακας».
Οι Ενετοί, εκτός από κατακτητές είναι και δημιουργοί, αφού την περίοδο της κυριαρχίας τους, κατασκευάζουν σπουδαία έργα. Το μεγαλύτερο όλων βεβαίως, τα Ενετικά Τείχη. Περπατώντας στο Ηράκλειο κανείς, μπορεί να βρεθεί σε πύλες και χαμηλές πλατείες των τειχών, ανάμεσα στις οποίες η πύλη Βιττούρη, η πύλη Αγίου Γεωργίου, η πύλη Βηθλεέμ και η πύλη Ιησού.
Στην καρδιά της πόλης επίσης, δεσπόζουν η Ενετική Λέσχη (Λότζια), που σήμερα φιλοξενεί το Δημαρχείο, η Βασιλική Αγίου Μάρκου, που λειτουργεί ως χώρος πολιτισμού και η Κρήνη Μοροζίνη (το ενετικό υδραγωγείο), γνωστότερη ως «Λιοντάρια».
Έργο των Ενετών είναι επίσης η Αγία Αικατερίνη των Συναϊτών, που λειτουργεί ως μουσείο κάτω από τον Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά. Σήμα – κατατεθέν για την πόλη, εκτός από τα Λιοντάρια, αποτελεί το Φρούριο του Κούλε (ή Πύργος του Λέοντος) που σήμερα σώζεται με την τούρκικη ονομασία του. Ενετικό έργο είναι και το λεγόμενο «παλιό λιμάνι», το οποίο κτίστηκε στο χώρο του αρχαίου, καθώς επίσης και τα ενετικά νεώρια με τις χαρακτηριστικές καμάρες.
