Ιδιαίτερα πλούσιο σε ιστορία, θρησκεία, αλλά και πολιτισμό, είναι το κέντρο της πόλης του Ηρακλείου. Ο ιστορικός Καθεδρικός Ναός του Αγίου Μηνά στην καρδιά της πόλης, είναι ο μεγαλύτερος ναός στην Κρήτη. Είναι αφιερωμένος στον πολιούχο της πόλης, ενώ ολοκληρώθηκε στις αρχές του 1895. Ο σημερινός ναός του Αγίου Τίτου κατασκευάστηκε για πρώτη φορά το 1869 ως τζαμί και αποδόθηκε στους χριστιανούς το 1925.
Βόρεια της πλατείας Ελευθερίας βρίσκεται το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου, το οποίο είναι ένα από τα μεγαλύτερα μουσεία στην Ελλάδα. Στο μουσείο φιλοξενείται σχεδόν συνολικά, ο Μινωικός Πολιτισμός με εκθέματα που καλύπτουν περίπου 5.500 χρόνια ιστορίας.
Στο υψηλότερο σημείο της παλιάς πόλης, στον προμαχώνα Μαρτινέγκο, βρίσκεται ο τάφος του μεγάλου Κρητικού λογοτέχνη Νίκου Καζαντζάκη.
Στην παραλιακή λεωφόρο της πόλης βρίσκονται δύο ακόμα μουσεία, το Ιστορικό και το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας. Το Ιστορικό Μουσείο κατασκευάστηκε το 1903 και παρουσιάζει μια συνολική εικόνα της ιστορίας της Κρήτης από τους πρώτους χριστιανικούς αιώνες έως τη σύγχρονη εποχή. Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, ιδρύθηκε το 1980, ενώ στεγάζεται στο κτίριο της παλιάς Ηλεκτρικής από το 2007.
